2007年12月6日深圳市政府四届八十次常务会议讨论通过深圳大学医学院筹建方案，市财政为举办医学院提供全额拨款，第一期建设费用额度30亿。2008年12月获教育部批准，开设临床医学专业，同年成立深圳大学医学院。2013年4月深大成立深圳大学医学部，旨在进一步整合学科资源，优化学科布局，推动医学学科发展，探索相对独立的实体性学部运作模式和机制。
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将在现有学院和专业基础上，陆续新增护理、康复医学、公共卫生等专业，加快建设基础医学院、生物医学工程学院、药学院、公共卫生学院、康复医学和护理学院和转化医学研究院等;也将建设包括2-3个高端直属附属医院和8-10个非直属临床学院在内的深圳大学医疗体系，以达到大幅改善临床教学环境、促进临床研究和诊疗水平的目标。
目前，医学部已经拥有一所附属医院(市二院)，另外一所位于西丽新校区的附属医院正在建设中;已经与深圳市多个市和区医院建立了战略合作关系，深圳市第3人民医院(传染病院)、第5人民医院(罗湖医院)、康宁医院、眼科医院、南山医院、龙岗耳鼻喉医院、孙逸仙心血管医院已经签约成为深圳大学附属医院。
医学部在深圳大学后海校区起步，已规划建设的医学部校区位于西丽大学城，规划建筑面积达15万平方米。直属附属学府医院毗邻医学部新校区，与医学部同步建设，其建设目标是建成与国际接轨的集医疗、教学、科研、康复和预防保健为一体的、具有专科特色的综合型、高端三级甲等教学医院。
