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1984年起，学校以“三个面向”为指导，围绕多出人才、出好人才这一目标，在办学形式、教学方法、助学金制度、食堂与工厂管理等方面进行了试验性的改革，取得了初步的成效，为今后改革的进一步深化创造了良好的条件。
1989年1月经省人民政府批准，学校更名为江苏省南通航运学校， 标志着专业建设重点开始由内河为主向航海为主的转变。