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南京大学，起源于国立中央大学，和同城双星东南大学同根同源。南京大学作为一所综合性大学，是中国顶尖大学联盟的成员高校，也是首批985工程高校之一。从高校排名来看，南京大学长期稳居国内高校前五。
南京大学的王牌专业众多，尤其是在人文社科领域以及计算机科学领域，在第四轮学科评估中，南京大学斩获3个A+学科，11个A学科，和7个A-学科。在基础学科领域，南京大学实力强劲，尤其是生物学、地质学、地理学、天文学以及化学专业。
2、东南大学东南大学，起源于国立中央大学工学院，前身是四大工学院之一的南京工学院。东南大学作为一所理工科高校，是建筑老八校的成员之一，建筑学、和土木工程专业是东南大学底蕴深厚且实力强劲的专业。
在第四轮学科评估中，东南大学的生物医学工程、建筑学、土木工程、艺术学理论和交通运输工程获评为A+学科；电子科学与技术获评为A；仪器科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、城乡规划学、风景园林学、管理科学与工程获评为A-。
3、苏州大学苏州大学的办学前身是东吴大学，江苏省属211工程高校，在院系调整中由苏州工学院、苏州丝绸学院等多所院校合并组建而成。苏州大学是一所综合性大学，在医学、理学、工学以及人文社科领域都拥有位居国内排名前列专业。
在第四轮学科评估中，苏州大学的软件工程和设计学获评为A-；材料科学与工程专业入选双一流建设名单；纺织工程、内科学、外科学、放射医学是国家重点学科。苏州大学拥有15个ESI全球排名前1％的学科，其中化学、材料科学进入ESI排名前1‰。
4、南京师范大学南京师范大学，虽然不是教育部直属的六大师范大学之一，但是在省属师范高校中稳居前列。作为师范类特色院校，南京师范大学学科门类齐全，办学历史可以追溯到三江师范学堂，在发展过程中先后并入南京大学、金陵大学的相关院系专业。
南京师范大学拥有6个国家重点学科，3个国家重点培育学科，6个学科在第四轮学科评估中获评为A类，8个学科进入ESI全球排名前1％。南京师范大学的王牌专业集中于教育学和基础学科领域，其中地理学是南京师范大学的王牌专业，也是南京师范大学的双一流建设专业。
5、南京农业大学南京农业大学，是教育部直属的农林类重点大学，办学前身是南京农学院，由国立中央大学农学院、金陵大学农学院以及浙江大学农学院合并组建而成。南京农业大学拥有一级学科国家重点学科4个，二级学科国家重点学科3个，国家重点培育学科1个。
作物学、农业资源与环境是南京农业大学的双一流建设专业；食品科学是南京农业大学的国家重点培育学科；作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理、公共管理、食品科学与工程和园艺学是南京农业大学的A类学科。
6-10名南京师范大学、南京农业大学、河海大学、中国矿业大学和江南大学进入前十。