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截至2015年6月学院官网显示，德州职业技术学院共设有9个院系，设置40个专业。
其中汽车工程系，汽车运用技术为，德州职业技术学院与青岛理工大学对口“3+2”对口贯通分段培养试点专业。汽车技术服务与营销专业为省级特色专业。
新能源技术工程系，应用电子技术(太阳能光电技术方向)专业是中央财政支持重点建设专业。
粮油食品与轻工工程系，粮食工程专业是中央财政支持重点建设专业。
经济管理系，会计电算化、物流管理、专业为省级特色专业。
机械工程系，数控技术为省级特色专业。